Tôn Nữ Thị Ninh sinh ra tại thành phố Huế, tỉnh Thừa Thiên Huế, là hậu duệ của hoàng tộc nhà Nguyễn. Năm 1950 bà theo gia đình sang Pháp và sau đó lại cùng gia đình trở về Sài Gòn. Bà học trung học tại trường Marie Curie tại Sài Gòn. Vào năm 1964, bà sang Pháp du học ở Đại học Paris (Pháp) và Đại học Cambridge (Anh). Bà đã tham gia hoạt động với Mặt trận Giải phóng Miền Nam Việt Nam với vai trò là người trợ giúp vòng ngoài cho Phái đoàn đàm phán của Việt Nam tại Paris trong những năm 1968 - 1973 và một số lần là phiên dịch tiếng Anh trong các cuộc tiếp xúc không chính thức cho Bộ trưởng Nguyễn Thị Bình.[1] Bà còn dạy Anh văn và văn học Anh ở Đại học Paris 1, École Normale Supérieure, Fontenay-aux-Roses và Université des Droits[cần dẫn nguồn].